Agevolazioni Per PMI Innovative Contestate: Come Difendersi

Hai ricevuto una contestazione dall’Agenzia delle Entrate perché ti è stato negato il diritto a beneficiare delle agevolazioni fiscali riservate alle PMI innovative? In questi casi, l’Ufficio presume che non siano rispettati i requisiti richiesti dalla normativa e procede al recupero delle somme già fruite, con applicazione di sanzioni e interessi. Tuttavia, non sempre la contestazione è fondata: con una corretta strategia difensiva è possibile dimostrare la legittimità del beneficio.

Quando l’Agenzia delle Entrate contesta le agevolazioni per PMI innovative
– Se la società non rispetta i requisiti di innovazione tecnologica richiesti (spese in R&S, personale qualificato, brevetti)
– Se l’iscrizione nella sezione speciale del Registro delle Imprese non è aggiornata o regolare
– Se i bilanci o le dichiarazioni non dimostrano il mantenimento dei requisiti di legge
– Se le agevolazioni sono state utilizzate in misura superiore a quella consentita
– Se la documentazione a supporto è ritenuta incompleta o irregolare

Conseguenze della contestazione
– Revoca delle agevolazioni fiscali già ottenute
– Recupero delle somme utilizzate in compensazione o in detrazione
– Applicazione di sanzioni per indebita fruizione del beneficio
– Interessi di mora sulle somme contestate
– Rischio di controlli ulteriori anche su incentivi o crediti d’imposta collegati all’innovazione

Come difendersi dalla contestazione
– Dimostrare con bilanci, certificazioni e relazioni tecniche il possesso dei requisiti di PMI innovativa
– Produrre documentazione aggiornata di iscrizione al Registro delle Imprese – sezione speciale
– Contestare la riqualificazione come indebita se i requisiti sono stati rispettati ma non correttamente valutati dall’Agenzia
– Evidenziare vizi di motivazione, errori di calcolo o difetti di notifica nell’accertamento
– Presentare ricorso alla Corte di Giustizia Tributaria per chiedere l’annullamento della contestazione

Il ruolo dell’avvocato nella difesa
– Analizzare la normativa specifica sulle PMI innovative e la documentazione aziendale
– Verificare la legittimità della contestazione e la proporzionalità delle sanzioni applicate
– Redigere un ricorso fondato su prove concrete e vizi formali dell’accertamento
– Difendere la società davanti ai giudici tributari contro richieste fiscali indebite
– Tutelare l’impresa da conseguenze economiche che potrebbero compromettere la crescita e gli investimenti

Cosa puoi ottenere con una difesa efficace
– L’annullamento totale o parziale della contestazione
– Il riconoscimento del diritto a mantenere le agevolazioni come PMI innovativa
– L’eliminazione di sanzioni e interessi non dovuti
– La sospensione delle richieste di pagamento già avviate
– La certezza di poter continuare a usufruire degli incentivi previsti per le imprese innovative

⚠️ Attenzione: il ricorso contro la contestazione deve essere presentato entro 60 giorni dalla notifica dell’atto. Trascorso questo termine, la revoca delle agevolazioni diventa definitiva e non sarà più possibile difendersi.

Questa guida dello Studio Monardo – avvocati esperti in diritto tributario e agevolazioni d’impresa – spiega come difendersi in caso di contestazioni sulle agevolazioni per PMI innovative e come tutelare i tuoi diritti.

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Introduzione

Le PMI innovative – imprese di piccole e medie dimensioni caratterizzate da un alto tasso di innovazione – beneficiano in Italia di numerose agevolazioni fiscali, contributive e finanziarie. Queste misure incentivanti sono state introdotte per favorire la nascita e la crescita di start-up e PMI ad alto contenuto tecnologico, attraverso detassazioni, semplificazioni burocratiche, contributi pubblici e accesso facilitato al credito . Tali vantaggi includono, ad esempio, detrazioni d’imposta per chi investe nel capitale dell’impresa, esenzioni da imposte e diritti (es. esonero dal bollo e dai diritti camerali per l’iscrizione nella sezione speciale del Registro Imprese), possibilità di remunerare collaboratori con strumenti partecipativi (stock-option, work-for-equity) a fiscalità agevolata, accesso semplificato al Fondo di Garanzia PMI per finanziamenti bancari, nonché contributi a fondo perduto o finanziamenti agevolati erogati tramite bandi pubblici (come il programma Smart&Start Italia di Invitalia) .

Queste agevolazioni hanno un impatto significativo sulla vita dell’impresa innovativa – basti pensare che un investimento agevolato con detrazione IRPEF al 50-65% rende molto più attraente finanziare una start-up, oppure che un contributo pubblico può coprire spese cruciali di R&S . Tuttavia, ogni beneficio è subordinato a condizioni precise e requisiti formali, la cui mancanza può comportare la perdita del beneficio stesso e l’obbligo di restituire quanto ottenuto indebitamente, talora con sanzioni. Le autorità competenti (Agenzia delle Entrate, Ministeri/enti erogatori, Guardia di Finanza, Corte dei Conti, ecc.) possono avviare contestazioni e procedimenti di revoca quando ritengono che l’impresa non avesse diritto all’agevolazione o ne abbia violato le condizioni. In questi casi l’impresa si trova, di fatto, nella posizione di “debitore” verso l’Erario o l’ente concedente, essendo chiamata a restituire imposte risparmiate o somme ricevute. Diventa allora fondamentale sapere come difendersi: ossia quali strumenti giuridici attivare, come impostare le proprie controdeduzioni nelle fasi di interlocuzione con la Pubblica Amministrazione (Agenzia Entrate, Invitalia, ecc.), e quali strategie seguire nei contenziosi davanti agli organi competenti (giudici tributari, TAR, giudice ordinario, Corte dei Conti).

In questa guida – aggiornata ad agosto 2025 e completa delle più recenti novità normative e pronunce giurisprudenziali – analizzeremo le principali tipologie di agevolazioni per start-up e PMI innovative, le cause più frequenti di contestazione da parte delle autorità e, soprattutto, gli strumenti di difesa a disposizione del beneficiario. Adotteremo un punto di vista pratico e orientato al tutelare l’impresa (debitore), con un linguaggio giuridico ma divulgativo. Verranno inclusi esempi concreti, tabelle riepilogative degli scenari più comuni e una sezione di domande e risposte per chiarire i dubbi frequenti. L’obiettivo è fornire ad avvocati, imprenditori e privati una trattazione avanzata ma comprensibile, utile ad affrontare in modo consapevole eventuali contestazioni sulle agevolazioni ottenute.

Il quadro normativo: PMI innovative e loro agevolazioni

Prima di affrontare le contestazioni, è opportuno delineare brevemente chi sono le PMI innovative e quali agevolazioni sono loro riconosciute dall’ordinamento italiano. La figura della “PMI innovativa” è stata introdotta nel 2015 (D.L. 3/2015, art. 4) come evoluzione delle start-up innovative istituite nel 2012 (D.L. 179/2012, art. 25-31) . Si tratta di società di capitali non quotate che, oltre a rientrare nei parametri dimensionali di PMI (meno di 250 dipendenti e fatturato annuo sotto 50 milioni di €), possiedono requisiti di innovatività analoghi a quelli richiesti alle start-up (es. oggetto sociale orientato a prodotti o servizi innovativi ad alto valore tecnologico, una quota significativa di spesa in R&S, personale altamente qualificato, ecc.) . Le PMI innovative possono essere sia imprese già uscite dal periodo “start-up” (che dal 2024 è ridotto a 3 anni salvo proroghe, v. infra) sia aziende innovative che per dimensioni o età non rientrano nella definizione di start-up ma soddisfano comunque criteri di innovatività. L’iscrizione nella sezione speciale del Registro delle Imprese dedicata alle PMI innovative consente di accedere a una serie di benefici, in parte coincidenti con quelli previsti per le start-up e in parte specifici.

Di seguito riassumiamo le principali agevolazioni riconosciute a start-up e PMI innovative dalla normativa vigente:

• Incentivi fiscali per investitori (IRPEF/IRES) – Chi investe nel capitale di una start-up o PMI innovativa ha diritto a una significativa detrazione/deduzione d’imposta. Attualmente (dopo le modifiche introdotte dalla Legge Annuale per il Mercato e la Concorrenza 2023, L. 16 dicembre 2024 n. 193) le persone fisiche possono detrarre dal proprio IRPEF il 30% dell’investimento, fino a 1.000.000 € annui, per investimenti effettuati entro i primi 5 anni dall’iscrizione della start-up . Inoltre, per le start-up costituite da meno di 3 anni è previsto un regime potenziato in “de minimis”, con detrazione elevata al 50% (fino al 2024) e 65% dal 2025 . Ad esempio, un privato che apporta 100.000 € nel capitale di una nuova PMI innovativa nel 2025 può detrarre 65.000 € dalle proprie imposte personali, entro i limiti degli aiuti “de minimis” (salvo ripartizione in più anni dell’eccedenza non utilizzata). Per gli investimenti effettuati da società (soggetti IRES) è prevista invece una deduzione dal reddito imponibile pari al 30% dell’investimento, fino a 1,8 milioni € . Nota: l’investimento deve essere mantenuto per almeno 3 anni (“holding period”) per non decadere dall’agevolazione . In caso di cessione anticipata, l’investitore perde il beneficio e deve restituire il risparmio d’imposta ottenuto (vedremo infra le eccezioni introdotte di recente) .
• Altre agevolazioni fiscali e contributive – Le imprese innovative godono di varie esenzioni e semplificazioni che riducono oneri fiscali e contributivi. Ad esempio, esonero dall’imposta di bollo, dai diritti di segreteria e dal diritto annuale camerale per l’iscrizione e gli adempimenti presso il Registro delle Imprese ; deroga alla disciplina sulle società di comodo e in perdita sistematica, evitando aggravi fiscali se la start-up è in perdita nei primi anni ; possibilità di prorogare la copertura delle perdite oltre il terzo del capitale senza obbligo immediato di ricapitalizzazione ; facoltà di emettere quote con diritti speciali e di raccogliere capitali tramite equity crowdfunding in deroga alla necessità di prospetto informativo . Sul piano del lavoro, spicca la possibilità di remunerare dipendenti e collaboratori con stock-option o work-for-equity (quote di capitale) i cui proventi sono esenti da imposte e contributi – un forte incentivo per attrarre talenti – a condizione che l’assegnazione avvenga durante il periodo in cui la società ha lo status innovativo . I chiarimenti ufficiali hanno confermato che tale esenzione fiscale/previdenziale permane anche se al momento dell’esercizio delle opzioni la società ha perso lo status, purché i diritti siano stati assegnati quando l’impresa era ancora start-up/PMI innovativa . In altre parole, il dipendente non verrà tassato retroattivamente se nel frattempo la società è uscita dal regime agevolato.
• Agevolazioni finanziarie e accesso al credito – Le start-up e PMI innovative hanno corsie preferenziali per accedere a fondi pubblici e garanzie sul credito. Fondo di Garanzia PMI: le imprese innovative possono ottenere garanzie statali fino all’80% su finanziamenti bancari senza valutazione del merito di credito da parte di Mediocredito Centrale e in modo gratuito . Ciò facilita l’ottenimento di prestiti altrimenti difficili da assicurare per aziende neo-costituite. Vi sono poi i contributi a fondo perduto e finanziamenti agevolati dedicati: ad esempio, il programma Smart&Start Italia (gestito da Invitalia) eroga mutui a tasso zero e contributi a start-up innovative su progetti di avvio e sviluppo; bandi come “Digital Transformation” o il Fondo Imprese Creative hanno previsto sovvenzioni per PMI innovative in specifici settori . Anche misure generaliste come la “Nuova Sabatini” (contributo in conto interessi per acquisto di beni strumentali) e il Piano Transizione 4.0 (crediti d’imposta per investimenti in R&S, innovazione tecnologica e macchinari 4.0) sono spesso utilizzate da PMI innovative . In aggiunta, grazie all’intervento di CDP Venture Capital – Fondo Nazionale Innovazione, sono disponibili strumenti di venture capital pubblico-privato (es. fondi Italia Venture) e co-investimento per supportare la crescita di start-up e PMI innovative .
• Semplificazioni societarie e burocratiche – Per ridurre i costi di avvio e gestione, la normativa consente alcune deroghe: ad esempio, fino al 2021 le start-up innovative potevano costituirsi come s.r.l. con atto costitutivo standard online senza notaio (procedure poi annullate dalla giustizia amministrativa e successivamente riviste, v. oltre) . Inoltre, come accennato, vi è flessibilità nell’emissione di quote con categorie speciali, la possibilità di posticipare gli obblighi di ricapitalizzazione in caso di perdite significative, e in generale un alleggerimento di alcune formalità amministrative (si pensi all’esonero dalle assemblee di soci per le PMI innovative costituite come S.r.l., che possono ricorrere al modello “startup” più snello). Infine, la presenza nello speciale registro delle imprese innovative facilita rapporti con enti pubblici: ad esempio, l’ICE offre servizi gratuiti di internazionalizzazione alle start-up/Pmi innovative (assistenza per export, fiere, ecc.) , e alcune procedure autorizzative o di deposito brevetti risultano accelerate.

Va sottolineato che molte di queste agevolazioni non sono illimitate nel tempo: il mantenimento dei benefici è condizionato al fatto che l’impresa conservi lo status di start-up o PMI innovativa entro determinati periodi. La disciplina originaria prevedeva che lo status speciale di start-up innovativa durasse massimo 5 anni dalla costituzione . Recentemente, con la riforma introdotta dalla Legge Concorrenza 2023 (L. 193/2024), la durata standard è stata ridotta a 3 anni, con possibilità di proroga fino a complessivi 7 anni (e in casi particolari 9 anni) al ricorrere di stringenti condizioni aggiuntive . In particolare, allo scadere dei primi 3 anni la start-up può ottenere una prima estensione di 2 anni se soddisfa almeno uno dei nuovi requisiti previsti (es.: incremento della spesa in R&S al 25%, stipula di un contratto di ricerca con un ente pubblico, crescita di ricavi o occupazione >50%, aumento di capitale con ingresso di investitori qualificati, ottenimento di un brevetto) . Ulteriori proroghe biennali, fino al limite di 7 o 9 anni totali, richiedono performance ancora più rilevanti (ad es. aumenti di capitale >1 milione € da parte di fondi di investimento o raddoppio annuo dei ricavi) . Nota: le imprese che perdono lo status di start-up allo scadere dei 3 anni senza aver maturato i requisiti di proroga possono comunque richiedere l’iscrizione come PMI innovativa, continuando così a godere di parte delle agevolazioni in una “seconda fase” della loro vita .

In sintesi, il quadro normativo delle start-up/PMI innovative è in continua evoluzione per adeguarsi sia alle esigenze del mercato sia agli orientamenti UE. Al contempo aumentano le opportunità per queste imprese, ma anche la necessità di rispettare rigorosamente le condizioni previste: ogni deroga o beneficio è collegato a specifici requisiti di legge o a obblighi (ad esempio l’obbligo per la start-up di inviare annualmente una dichiarazione di conferma dei requisiti al Registro Imprese). Nel prosieguo vedremo come il mancato rispetto di tali requisiti o obblighi possa condurre a contestazioni e revoche, e come l’impresa possa reagire per difendere i propri diritti.

Cause frequenti di contestazione delle agevolazioni

Sono numerose le situazioni in cui le autorità possono mettere in dubbio la spettanza di un’agevolazione concessa a una start-up o PMI innovativa, arrivando a revocare il beneficio e a chiederne la restituzione. In generale, le contestazioni rientrano in due macro-categorie: (1) la mancanza o perdita dei requisiti di legge necessari per godere dell’agevolazione; (2) l’inadempimento di condizioni specifiche legate all’utilizzo del beneficio. Di seguito analizziamo le casistiche più frequenti, suddivise per tipologia.

Perdita dei requisiti di start-up/PMI innovativa

La normativa impone diversi requisiti qualificanti per acquisire e mantenere lo status speciale di start-up o PMI innovativa. Alcuni sono requisiti “strutturali” immediati (es.: forma giuridica di S.r.l./S.p.A., sede in Italia, non oltre 5 anni di attività – ora 3 anni base –, fatturato < 5 mln, nessuna distribuzione di utili, oggetto sociale realmente innovativo, almeno un indicatore di innovatività come spese R&S ≥15% del costo o personale qualificato ≥1/3 del totale, ecc.). Altri requisiti sono “temporali”: come visto, la qualifica dura solo per un certo periodo, salvo proroghe, dopodiché decade automaticamente. Fino al 2024 la durata massima era 5 anni; con la riforma 2024-2025 la durata base è 3 anni (estendibile con condizioni) . Ne consegue che molte start-up allo scadere dei primi 3 anni dovranno attivarsi per soddisfare i criteri di proroga (p.es. incremento spesa R&S al 25%, brevetti, forti aumenti di capitale o di ricavi, ecc.) per non decadere dallo status speciale .

La perdita della qualifica di start-up innovativa – sia per naturale scadenza dei termini sia per mancato rispetto di un requisito sostanziale – comporta effetti rilevanti. L’impresa viene cancellata dalla sezione speciale del Registro e cessa di beneficiare di tutte le agevolazioni collegate (fiscali, burocratiche, ecc.) . Inoltre, vi è l’obbligo di versare imposte, diritti e contributi prima esentati in virtù dello status speciale. Ad esempio, la Camera di Commercio può richiedere il pagamento dell’imposta di bollo e dei diritti annuali che la società aveva risparmiato negli anni di iscrizione come start-up . Sul piano fiscale, occorre distinguere: se la perdita dei requisiti è dovuta al normale decorso del termine massimo (senza violazioni), essa non comporta la revoca delle agevolazioni già fruite. L’Agenzia delle Entrate ha chiarito infatti che il venir meno “naturale” dello status di start-up innovativa non costituisce causa di decadenza dalle detrazioni per gli investitori . In altre parole, se una start-up “esce” dal regime dopo 3-5 anni come previsto, i soci che hanno investito non perdono il bonus fiscale goduto negli anni precedenti. Ciò è stato esplicitato sin dalla Circolare AE n. 16/E del 11 giugno 2014 , nonché ribadito nelle norme attuali (v. art. 29 D.L. 179/2012 e succ. mod.): la scadenza del periodo agevolato o il superamento di soglie dimensionali (es. ricavi > 5 mln, passaggio a PMI innovativa) non fanno decadere l’agevolazione fiscale in capo agli investitori . Al contrario, se la qualifica speciale viene meno prima del tempo per violazioni od omissioni, i benefici goduti possono essere considerati indebitamente fruiti “sine titulo”, con conseguente obbligo di restituzione e potenziali sanzioni .

Un caso tipico è il mancato adempimento di obblighi formali: ad esempio, la legge richiede alle start-up di inviare ogni anno una dichiarazione di conferma dei requisiti al Registro Imprese. La mancata presentazione di tale dichiarazione è equiparata dalla legge a perdita dei requisiti (come se l’azienda non fosse più innovativa), facendo decadere lo status con effetto immediato. In questo scenario “patologico”, le agevolazioni fruite anche in passato diventano indebite. L’Agenzia Entrate o altri enti potrebbero quindi richiedere la restituzione di imposte risparmiate (detrazioni, esenzioni) e contributi non versati, in quanto benefici ottenuti senza averne più diritto. Analogo discorso per il caso – raro ma non impossibile – in cui si scopra che la società non possedeva fin dall’origine i requisiti per iscriversi come innovativa (es.: oggetto sociale non effettivamente innovativo, o false attestazioni sulle spese in R&S). In tal caso, l’iscrizione iniziale sarebbe viziata e l’impresa non avrebbe mai dovuto godere delle agevolazioni: si profilerebbe quindi un recupero retroattivo di tutti i benefici (revoca sin dall’origine). È evidente che, su questo fronte, la migliore difesa consiste nella prevenzione: assicurarsi di possedere e mantenere i requisiti richiesti, effettuando per tempo tutti gli adempimenti (come la conferma annuale) e documentando adeguatamente il carattere innovativo. In caso di decadenza già avvenuta, l’unico rimedio è eventualmente dimostrare che la perdita dei requisiti è avvenuta per cause non imputabili all’impresa (forza maggiore, mutamenti normativi repentini) e provare a ottenere una sanatoria o un ripristino dello status (cosa non semplice e generalmente possibile solo se il legislatore interviene, come avvenuto nel 2021 per sanare le costituzioni online senza notaio annullate dai giudici ).

Revoca di contributi pubblici e finanziamenti agevolati

Molte start-up e PMI innovative accedono a finanziamenti agevolati, contributi a fondo perduto o incentivi pubblici per sostenere i loro progetti (bandi ministeriali o regionali, progetti PNRR, ecc.). Questi benefici sono concessi tramite provvedimenti amministrativi e contratti che prevedono precisi obblighi a carico dell’impresa, il cui mancato rispetto comporta la revoca dell’agevolazione. Le cause tipiche di decadenza da un contributo includono:

• Inadempimenti finanziari: ad esempio, mancato pagamento delle rate di un mutuo agevolato. Molti schemi (come Smart&Start) prevedono che il finanziamento agevolato vada restituito in rate periodiche; se l’impresa diventa morosa per un certo numero di mesi, l’ente può revocare il tasso zero e pretendere l’immediato rimborso di tutto il dovuto.
• Mancata realizzazione del progetto nei termini previsti: se l’impresa non completa le attività finanziate entro le scadenze indicate nel contratto (es.: non utilizza tutti i fondi entro 24 mesi, non raggiunge gli obiettivi prefissati), l’ente può revocare in tutto o in parte il contributo. Anche un’esecuzione parziale (ad es. completato solo il 80% degli investimenti) può comportare una revoca pro-quota, con richiesta di restituzione della parte di contributo corrispondente al progetto non realizzato .
• Interruzione anticipata dell’attività o modifica dell’impresa: se la società cessa l’attività, si scioglie o fallisce prima di un periodo minimo stabilito (spesso previsto nei bandi, es. obbligo di non cessare per almeno 3-5 anni dall’ottenimento del contributo), il beneficio viene revocato integralmente . Similmente, se la start-up perde lo status innovativo troppo presto rispetto a quanto richiesto dal bando (es. un bando poteva richiedere che l’impresa restasse start-up per almeno X anni), ciò può violare le condizioni dell’agevolazione.
• Utilizzo indebito dei fondi o irregolarità gravi: è causa immediata di revoca l’aver destinato le somme ricevute a spese non ammesse o diverse da quelle approvate, oppure aver commesso frodi nel rendicontare il progetto. Esempi: presentazione di fatture false o gonfiate per ottenere rimborsi più alti; distrazione dei beni acquistati con il contributo (venduti o usati per scopi extra progetto); mancato rispetto delle norme sugli appalti se richiesto; altre irregolarità documentali sostanziali .
• Perdita di requisiti specifici del bando: alcuni incentivi richiedono, ad esempio, che l’impresa mantenga sede in una certa regione o area svantaggiata per tot anni, o che non cambi forma giuridica. Se la società trasferisce la sede fuori dall’area agevolata o si trasforma in società “ordinaria” troppo presto, può decadere dal beneficio .

In generale, i contratti di concessione dei contributi prevedono espressamente che, al verificarsi di una di queste violazioni, si procede alla dichiarazione di decadenza e al recupero delle somme erogate . La prassi amministrativa è la seguente: l’ente competente (ad es. Invitalia per i bandi nazionali MIMIT) invia una comunicazione di avvio del procedimento (ex art. 7 L. 241/1990), indicando le inadempienze riscontrate e concedendo all’impresa un termine (spesso 10–15 giorni) per presentare memorie e controdeduzioni . L’impresa dunque ha la possibilità di spiegare le proprie ragioni o di porre rimedio entro quel termine (ad es., pagando le rate arretrate, inviando documenti mancanti, ecc.). Se le giustificazioni non risultano convincenti, l’ente adotta il provvedimento finale di revoca, dichiarando la decadenza dall’agevolazione. Giuridicamente, ciò risolve il contratto di finanziamento agevolato: ad esempio, in caso di mutuo a tasso zero, la revoca comporta la perdita del tasso agevolato e la richiesta di restituzione immediata dell’intero capitale residuo, spesso con applicazione di interessi di mora dalla data di erogazione . In caso di contributo a fondo perduto, l’impresa deve restituire tutte le somme ricevute (o la quota parte revocata) in un’unica soluzione. Dopo la revoca, se l’impresa non rimborsa spontaneamente entro i termini intimati, si procede con la fase di recupero crediti coattivo: di norma l’ente iscrive a ruolo l’importo dovuto, e l’impresa riceve una cartella esattoriale da Agenzia Entrate-Riscossione pari alle somme da restituire, maggiorate di interessi e spese di esazione .

Esempio pratico: una start-up innovativa beneficiaria di Smart&Start riceve 500.000 € (di cui 300.000 sotto forma di mutuo zero e 200.000 come contributo a fondo perduto) per sviluppare un certo progetto entro 24 mesi. A causa di ritardi e difficoltà, dopo 24 mesi l’impresa ha speso solo 250.000 € e non ha completato lo sviluppo. Invitalia avvia il procedimento di revoca: in assenza di controdeduzioni valide, viene emesso un provvedimento che risolve il contratto agevolato. La start-up deve restituire l’intero importo erogato: i 300.000 € di mutuo residuo diventano immediatamente esigibili (perdendo il beneficio del tasso zero, si applicano interessi), e i 200.000 € di contributo vanno anch’essi rimborsati. Poco dopo, la società riceve una cartella di pagamento per circa 510.000 € (500k più interessi e spese). In mancanza di liquidità, la start-up rischia il default e i suoi amministratori valutano un ricorso al TAR contro la revoca.

Da questo esempio si capisce quanto sia critico rispettare le condizioni dei finanziamenti agevolati. La difesa in questi casi consiste inizialmente nel presentare controdeduzioni efficaci (vedremo più avanti come strutturarle) per convincere l’ente a non revocare o magari a concedere una proroga/rimodulazione del progetto. Se ciò fallisce, l’unica strada è impugnare la revoca davanti al giudice amministrativo (TAR) o eventualmente il giudice ordinario, a seconda della materia (si veda oltre il tema della giurisdizione), tentando di far annullare o attenuare il provvedimento.

Va menzionato che, a seguito di revoche per irregolarità gravi, può aprirsi anche un altro fronte: quello della responsabilità erariale innanzi alla Corte dei Conti (v. oltre). Ad esempio, la Corte dei Conti – Sez. giurisd. Lazio, sent. 3 agosto 2020 n. 329 ha esaminato il caso di agevolazioni Invitalia revocate per inadempimenti contrattuali: la Procura contabile aveva chiesto la condanna degli amministratori della società al risarcimento del danno erariale corrispondente alle somme pubbliche non recuperate . La Corte ha affermato un principio importante: se la società beneficiaria, dopo la revoca, non restituisce le somme dovute, i suoi amministratori possono essere ritenuti personalmente responsabili del danno arrecato alle finanze pubbliche . Dunque la revoca di contributi può avere strascichi personali sui gestori dell’impresa (specie in caso di frode o colpa grave), con potenziali condanne a pagare di tasca propria l’importo non rientrato nelle casse pubbliche. Questo “monito” evidenzia la necessità, per gli imprenditori, di attivarsi per restituire quanto dovuto ed evitare ulteriori guai (si pensi anche alle possibili sanzioni penali in caso di truffa ai danni dello Stato o indebita percezione di contributi, art. 640-bis c.p. e 316-ter c.p.). Su questi aspetti torneremo nella sezione dedicata alla Corte dei Conti e all’eventuale contesto penale.

Accertamenti fiscali su incentivi tributari

Un’altra ampia categoria di contestazioni riguarda le agevolazioni fiscali di cui la start-up/PMI innovativa (o i suoi investitori) hanno usufruito. L’Agenzia delle Entrate, nell’ambito delle attività di controllo dichiarativo o di verifiche fiscali, può ritenere non spettante un bonus fiscale e attivare il recupero delle imposte. Alcuni esempi tipici:

• Detrazione IRPEF per investimenti in start-up: come visto, i soci persone fisiche possono detrarre il 30% (o il 50-65% in de minimis) di quanto investito. L’Agenzia Entrate può, in sede di liquidazione automatizzata della dichiarazione o di verifica sostanziale, negare in tutto o in parte la detrazione se ritiene che non fossero rispettate le condizioni di legge . Ciò può avvenire, ad esempio, se la documentazione attestante l’investimento è carente (mancanza della certificazione dell’importo investito rilasciata dalla start-up) oppure se l’Agenzia eccepisce che la società non avesse effettivamente i requisiti per essere una start-up innovativa (magari perché l’iscrizione nella sezione speciale risultava viziata o perché l’aumento di capitale non è stato eseguito secondo le regole) . In un caso deciso dalla Commissione Tributaria Provinciale di Bologna nel 2024, ad esempio, l’Agenzia contestava a un investitore la detrazione sostenendo una presunta mancanza di “proporzionalità” tra l’investimento effettuato e la quota societaria ottenuta, e criticando il piano aziendale della start-up perché privo di chiare strategie di exit . In pratica il Fisco insinuava che l’apporto fosse “sovrastimato” rispetto al valore, suggerendo un intento elusivo. Ebbene, i giudici tributari hanno censurato tale impostazione, ribadendo che non esistono requisiti extra-legali di proporzionalità investimento/quote per fruire del bonus – tali vincoli apparivano solo in una circolare interna e non hanno forza di legge . Di conseguenza, la detrazione spettava comunque all’investitore. Questo episodio conferma l’importanza di far valere, in sede di difesa, il principio (più volte sancito dalla Corte di Cassazione) che le circolari dell’Agenzia Entrate non vincolano né i contribuenti né i giudici in assenza di base legislativa . È quindi illegittimo un diniego di beneficio fondato su meri orientamenti interni non previsti dalla norma.
• Decadenza per cessione anticipata delle partecipazioni: la legge impone all’investitore agevolato di mantenere la partecipazione ricevuta per almeno 3 anni. Se le quote sono cedute (anche parzialmente) prima di tale termine, si decade dall’agevolazione, salvo che la cessione sia dovuta a causa di forza maggiore. In passato l’Agenzia Entrate aveva un’interpretazione molto restrittiva, considerando decaduto il beneficio anche in casi di cessione non volontaria (es. obbligo di vendita per effetto di clausole contrattuali come drag-along). Nel 2024 il legislatore è intervenuto: la Legge concorrenza 2023 (L. 193/2024) ha stabilito espressamente che non si perde la detrazione se la cessione della quota avviene per cause indipendenti dalla volontà dell’investitore . Ad esempio, se un socio di minoranza è costretto a vendere perché un investitore principale esercita una clausola di trascinamento (drag-along) per cedere l’intera società, l’investitore minore non subirà la decadenza del bonus fiscale. Questa novità normativa, applicabile retroattivamente in via di interpretazione favorevole, supera le posizioni precedenti dell’Agenzia. Pertanto, in eventuali contenziosi su detrazioni revocate per cessioni precoci, oggi la difesa può richiamare la nuova norma per sostenere la legittimità del mantenimento del beneficio in casi non volontari.
• Contestazioni su crediti d’imposta (R&S, Innovazione, 4.0): molte PMI innovative fruiscono di crediti di imposta per attività di R&S, innovazione tecnologica, design, investimenti in macchinari 4.0, formazione 4.0, ecc. Questi crediti (autoliquidati in dichiarazione e utilizzati in compensazione) sono soggetti a controllo successivo da parte dell’Agenzia Entrate e, spesso, della Guardia di Finanza. Una fattispecie ricorrente riguarda il Credito di imposta Ricerca & Sviluppo 2015-2019 (previsto dal D.L. 145/2013 e succ. mod.): molte imprese lo hanno utilizzato in buona fede su progetti poi ritenuti non qualificabili come R&S “ammissibile” secondo criteri stringenti emersi ex post, oppure dietro consiglio di consulenti che ne hanno abusato. L’Agenzia (spesso su input di verifiche GdF) sta recuperando questi crediti “indebiti” a centinaia di imprese, PMI innovative incluse. La contestazione tipica è che mancano i presupposti dell’agevolazione: il progetto svolto dall’azienda non sarebbe autentica ricerca sperimentale ma semplice innovazione incrementale, oppure le spese rendicontate (per software, personale, consulenze) non sarebbero eleggibili, o ancora mancano documenti e certificazioni obbligatorie. In tali casi, l’Agenzia emette un avviso di recupero del credito d’imposta considerandolo “non spettante” (o inesistente se addirittura privo di base reale) . All’impresa viene chiesto di versare l’importo del credito utilizzato, con interessi e sanzione del 30% (credito non spettante) o del 100%-200% (credito inesistente, in presenza di artifici/frode) . La difesa in questi casi è complessa: occorre dimostrare, spesso con perizie tecniche, che i progetti erano effettivamente di R&S ammissibile, o quantomeno sostenere la buona fede e l’esistenza oggettiva del credito per evitare il trattamento più sfavorevole di “inesistente” (che implica sanzioni doppie) . A livello normativo, va segnalato che nel 2023 il Governo ha varato una misura di “riversamento spontaneo” per il credito R&S 2015-19: le imprese che si sono accorte di aver fruito indebitamente del credito potevano restituirlo volontariamente senza sanzioni (o con sanzioni ridotte) entro il 31 ottobre 2023 . Tale finestra ha consentito a molti di regolarizzarsi ed evitare accertamenti penali. Per chi invece riceve un avviso di recupero, la via è il ricorso alla giustizia tributaria (Commissioni/Corti tributarie) entro 60 giorni, facendo valere ogni elemento a proprio favore (es. interpretazioni difformi sulla qualificazione delle attività come R&S, errori procedurali dell’ufficio, ecc.).

In caso di accertamento fiscale su un’agevolazione, la procedura tipica vede la notifica al contribuente (sia esso la società o l’investitore) di un avviso di accertamento/avviso di recupero in cui si liquidano le maggiori imposte dovute per la perdita del beneficio, più interessi e sanzioni . Da quel momento, scattano i 60 giorni per presentare ricorso in Commissione Tributaria (oggi Corte di Giustizia Tributaria di primo grado). Come vedremo, è fondamentale attivarsi prontamente anche per chiedere la sospensione dell’atto, onde evitare che nel frattempo l’importo venga iscritto a ruolo e arrivi a cartella di pagamento.

Da segnalare che la giurisprudenza di legittimità negli ultimi anni ha spesso richiamato principi garantisti a favore del contribuente: ad esempio, la Cassazione n. 27293/2024 ha ribadito che le circolari ministeriali non creano obblighi aggiuntivi per il contribuente né vincolano i giudici . Dunque, se l’Ufficio basa la revoca di un beneficio su una propria interpretazione restrittiva non fondata su legge (come nel caso di specie di cui sopra), il giudice dovrà disapplicare tale circolare e valutare solo la legge. Al contempo, la Cassazione ha confermato che la buona fede o l’affidamento del contribuente non possono evitare la revoca di un’agevolazione qualora manchino i requisiti oggettivi, trattandosi di benefici vincolati: la buona fede potrà semmai rilevare in termini di riduzione delle sanzioni, ma non consente di mantenere un credito d’imposta non dovuto . Questo orientamento “rigoroso” sul piano del principio di legalità dei tributi coesiste con l’altro favorevole sul non considerare vincolanti le istruzioni amministrative: la difesa efficace deve quindi muoversi su entrambi i fronti, contestando eventuali pretese basate su elementi extra-legali, e parallelamente cercando di dimostrare il rispetto sostanziale delle condizioni previste dalla norma.

Controversie sul Fondo di Garanzia e finanziamenti bancari garantiti

Un ambito peculiare di contestazione riguarda le garanzie pubbliche sui finanziamenti. Come detto, le start-up innovative godono di accesso semplificato al Fondo di Garanzia per le PMI, che copre fino all’80% di un prestito bancario. Qui la posizione del beneficiario è particolare: la garanzia infatti tutela la banca, ma indirettamente coinvolge la start-up come debitore verso lo Stato in caso di escussione. In pratica, se la start-up non rimborsa il prestito e va in default, la banca può escutere la garanzia statale presso Mediocredito Centrale (MCC, gestore del Fondo) il quale paga alla banca l’80% del capitale residuo. A quel punto MCC si surroga nei diritti della banca e può rivalersi sulla start-up per quanto pagato (surrogazione ex art. 1203 c.c.) . Ciò tipicamente si traduce nell’iscrizione a ruolo dell’importo escusso: la start-up insolvente si vedrà notificare una cartella esattoriale a nome di MCC (o MEF) pari all’80% del debito, più interessi. In questo frangente, le tutele difensive sono analoghe a quelle di un qualsiasi debitore verso un creditore: la società potrà chiedere una rateazione della cartella (per evitare ulteriori azioni esecutive), oppure presentare opposizione se rileva vizi formali nella cartella o se contesta la quantificazione (ad esempio se una parte del debito era stata già pagata) . C’è da dire che, trattandosi di debito certo derivante da un contratto bancario, le possibilità di contestazione sostanziale sono limitate: l’inadempimento del prestito è difficilmente confutabile, quindi più che altro ci si concentra su soluzioni transattive o dilazioni.

Un altro profilo è la possibile revoca stessa della garanzia da parte di MCC. Infatti, ottenere la garanzia del Fondo PMI è un beneficio soggetto a condizioni: l’impresa deve presentare tutta la documentazione richiesta (es. conferma dell’avvenuta erogazione del finanziamento, dichiarazione de minimis, ecc.). MCC svolge controlli documentali successivi e, se riscontra che la start-up non ha inviato nei termini i documenti obbligatori o li ha inviati in modo incompleto, può deliberare la decadenza dall’agevolazione: in tal caso la garanzia statale diventa inefficace, come se non fosse mai esistita . Questa evenienza si è verificata su larga scala negli ultimi anni, specialmente per i finanziamenti Covid garantiti dallo Stato: molte imprese, prese dalla crisi, hanno trascurato di rispondere alle PEC di MCC che chiedevano integrazioni, incorrendo così nella revoca della garanzia. Si stima che nel 2023 circa 60.000 imprese beneficiarie del Fondo siano state sottoposte a controllo documentale, e fioccano i provvedimenti di revoca per mancato riscontro alle richieste . Importante: la revoca postuma della garanzia non significa che il finanziamento venga meno (la start-up resta debitrice del prestito), ma comporta il venir meno del sostegno pubblico. In pratica, se la garanzia viene revocata prima che il prestito sia rimborsato, la banca può richiedere alla start-up di fornire garanzie sostitutive o potrebbe – nei casi peggiori – risolvere il contratto di finanziamento per venuta meno della garanzia, o applicare condizioni più onerose (ad es. aumento del tasso). Inoltre, se la garanzia era già stata escussa (perché la revoca avviene dopo che MCC ha pagato la banca), MCC può richiedere all’azienda il corrispettivo della garanzia: in passato, infatti, si è visto MCC ingiungere alle imprese revocate il pagamento di una somma pari al “prezzo” della garanzia come se fosse stata concessa a titolo oneroso di mercato, più una sanzione amministrativa . In sostanza, la start-up deve rimborsare allo Stato il beneficio indebitamente goduto consistente nell’aver ottenuto una garanzia gratuita.

Di fronte a questa situazione, nel 2023 il gestore del Fondo ha introdotto una sorta di sanatoria temporanea per dare un’ultima chance alle imprese inadempienti: con la Circolare MCC n. 6/2023 è stato stabilito che, se l’azienda rimediava anche tardivamente alle carenze documentali (inviando i documenti mancanti, sebbene oltre i termini o per canali diversi), il procedimento di revoca poteva essere annullato o riesaminato, consentendo di ripristinare la garanzia . Molte PMI hanno colto questa opportunità inviando rapidamente le carte richieste e riuscendo così a evitare la decadenza automatica per un semplice ritardo burocratico. Resta fermo che, in caso di dolo o false dichiarazioni nella fase di richiesta della garanzia (es.: se un’azienda avesse occultato deliberatamente informazioni negative pur di ottenere il fondo), MCC procede alla revoca definitiva e segnala la vicenda alle autorità competenti (potendo configurarsi reati di truffa o falso) .

In sintesi, per quanto riguarda le garanzie pubbliche, la contestazione può colpire l’impresa sotto due aspetti: (a) come debitor debitoris, quando lo Stato ha pagato e si rivale su di essa (questione di recupero crediti); (b) come beneficiaria di un’agevolazione soggetta a decadenza, quando MCC revoca la garanzia per inadempienze procedurali o scorrettezze. Nel primo caso la difesa verte su strumenti ordinari di tutela del debitore (richiesta di rateizzo, opposizioni formali alla cartella, ecc.). Nel secondo caso, invece, la start-up può tentare di argomentare che la revoca è ingiustificata – ad esempio provando che la PEC di richiesta documenti non le è mai arrivata per disguidi non imputabili, o che la documentazione era stata in realtà inviata – e chiedere in autotutela la revoca del provvedimento di decadenza. Se ciò non avesse esito, potrà valutare un ricorso al TAR contro l’atto di revoca della garanzia, anche se su questa materia vi sono alcuni dubbi di giurisdizione (essendo la garanzia un’agevolazione regolata per legge ma con effetti su rapporti privatistici di credito, alcuni TAR in passato hanno declinato la competenza ritenendo che spetti al giudice ordinario la fase di esecuzione; cfr. TAR Lazio 23/10/2020 n. 10529) . Per prudenza, è consigliabile in casi del genere agire su entrambi i fronti: ricorso amministrativo contro la revoca e, se già c’è una cartella di pagamento, anche opposizione in sede civilistica per sospendere la riscossione coattiva, lasciando al giudice delle leggi la definizione della giurisdizione applicabile.

Contestazioni su semplificazioni normative e status giuridico

Talora oggetto di contenzioso non è un’agevolazione economica in senso stretto, ma una misura normativa di favore per start-up che viene messa in discussione. Un caso emblematico è la vicenda della costituzione digitale delle s.r.l. innovative senza notaio: introdotta con D.M. 17/2/2016 (possibilità per le start-up di costituirsi online con modello standard e firma digitale), fu impugnata dal Consiglio Nazionale del Notariato davanti al TAR Lazio per presunta illegittimità (violazione della riserva di legge in materia notarile). Ne seguì una battaglia legale: il TAR Lazio nel 2017 diede ragione ai notai, e infine il Consiglio di Stato, sent. 29 marzo 2021 n. 2643, ha annullato in via definitiva la norma del 2016, dichiarandola nulla . Ciò ha comportato – letteralmente da un giorno all’altro – l’impossibilità per le start-up di costituirsi online e messo a rischio di nullità circa 3.500 società già costituite digitalmente tra 2016 e 2021 . Solo un intervento normativo successivo (D.L. 77/2021) ha convalidato ex lege gli atti costitutivi già perfezionati, sanando la posizione di quelle società . Nel frattempo il Governo ha emanato un nuovo decreto (novembre 2021) attuativo di direttiva UE, reintroducendo la costituzione online ma con intervento obbligatorio del notaio via videoconferenza (seppur a onorari ridotti 50%) . Questo episodio dimostra che anche semplificazioni normative pro start-up possono essere contestabili in sede giudiziaria da portatori di interessi contrari, con impatti pesanti sulle imprese coinvolte. Fortunatamente, in quel frangente si è evitato il peggio con una sanatoria; tuttavia, resta il fatto che alcune operazioni compiute dalle start-up sfruttando deroghe potrebbero in ipotesi essere oggetto di contestazione sulla loro validità.

Ad esempio, un caso ipotetico potrebbe essere la contestazione della validità di un aumento di capitale realizzato mediante procedure semplificate previste solo per start-up, qualora la società avesse perso lo status nel frattempo: il terzo potrebbe sostenere che quell’atto andava fatto con le forme ordinarie e chiederne l’annullamento. Oppure potrebbe accadere che un’impresa si veda rifiutare o cancellare l’iscrizione nella sezione speciale da parte dell’ufficio del Registro Imprese, perché la Camera di Commercio ritiene non provati i requisiti: in tali casi la start-up può presentare ricorso al giudice amministrativo per impugnare il provvedimento camerale di diniego o cancellazione. Si tratta di vicende meno comuni, ma è importante menzionarle perché rientrano nel panorama delle “contestazioni” che un’impresa innovativa potrebbe dover affrontare – sebbene non riguardino un debito da restituire, ma il diritto stesso a godere dello status e delle relative facilitazioni.

Riassumendo, le contestazioni sulle agevolazioni per PMI innovative spaziano dal fisco (revoca di benefici tributari con recupero d’imposta) ai contributi e finanziamenti pubblici (decadenza da bandi con obbligo di rimborso), dalle garanzie pubbliche sul credito fino ad aspetti formali sullo status societario. Le conseguenze per l’impresa possono essere molto gravi: sul piano economico (dover restituire somme ingenti, talvolta con sanzioni), sul piano operativo (perdita dello status e di tutti i vantaggi connessi) e perfino sul piano personale e penale per amministratori (azioni della Corte dei Conti per danno erariale, indagini GdF per eventuali reati). Nel prossimo capitolo esamineremo come l’impresa può difendersi da tali contestazioni, modulando le strategie in base al tipo di procedimento e all’autorità interlocutrice (Agenzia Entrate, Invitalia, GdF, ecc.). Verranno distinti gli strumenti di tutela in sede amministrativa (ossia prima e al di fuori del tribunale) e quelli in sede giudiziale (ricorsi alle varie giurisdizioni competenti), con riferimento agli orientamenti giurisprudenziali più recenti che possono rafforzare la posizione del beneficiario.

Difendersi dalle contestazioni: strumenti e strategie

Quando una PMI innovativa (o un suo investitore) riceve una contestazione – che si tratti di una comunicazione di avvio di procedimento da Invitalia, di un processo verbale di constatazione dalla Guardia di Finanza, di un avviso di accertamento dall’Agenzia delle Entrate o di un provvedimento di cancellazione dal Registro Imprese – è fondamentale attivarsi tempestivamente per esercitare il proprio diritto di difesa. In generale, la strategia si sviluppa in due fasi successive:

1. Fase amministrativa (pre-contenzioso) – consiste nel confronto diretto con l’Autorità che intende revocare o recuperare il beneficio, tramite memorie, chiarimenti, richieste in autotutela o ricorsi gerarchici interni. L’obiettivo è cercare di evitare o annullare il provvedimento sfavorevole prima che diventi definitivo, sfruttando gli strumenti di partecipazione e autotutela previsti dalla legge.
2. Fase giudiziale (contenzioso) – se la fase amministrativa non porta a risultati, occorre impugnare l’atto dinanzi all’organo giurisdizionale competente (commissione tributaria, TAR, giudice civile o Corte dei Conti a seconda dei casi) per ottenerne l’annullamento o la riforma. È essenziale individuare il giudice giusto ed agire entro i termini per non perdere la tutela. Spesso è necessario anche chiedere misure cautelari (sospensive) per congelare gli effetti dell’atto impugnato.

Vediamo in dettaglio i principali strumenti difensivi in ciascuna fase.

Fase amministrativa: controdeduzioni e rimedi interni

La legge generale sul procedimento amministrativo (L. 241/1990) prevede che, prima di adottare un provvedimento negativo che incide su posizioni altrui (come la revoca di un contributo), la Pubblica Amministrazione debba, salvo casi di particolare urgenza o tassativamente esclusi, comunicare l’avvio del procedimento all’interessato, dandogli modo di presentare memorie e documenti a propria difesa (art. 7 e 10-bis L. 241/90) . Nella prassi, come già accennato, Invitalia invia una PEC di avvio procedimento elencando le violazioni contestate e assegnando di solito 10–15 giorni per le controdeduzioni . Analogamente, l’Agenzia Entrate in alcuni casi invia un invito a fornire chiarimenti (specie per i crediti d’imposta) prima di emettere un atto formale . Anche la Camera di Commercio, prima di cancellare una società dal registro speciale, in genere comunica la contestazione (es. mancanza requisiti) e chiede una risposta. Questa fase è cruciale: permette di esporre le proprie ragioni e magari sanare l’irregolarità, persuadendo l’Amministrazione a non procedere con la sanzione definitiva .

Gli strumenti tipici di difesa in sede amministrativa sono i seguenti:

• Memoria di controdeduzioni: è un documento scritto, spesso in forma di lettera difensiva, in cui l’impresa risponde puntualmente a ogni rilievo contestato dall’ente . È opportuno richiamare sia le circostanze di fatto (spiegando, ad esempio, le ragioni di un ritardo o allegando le ricevute di pagamento che provino che un obbligo è stato in realtà adempiuto) sia i riferimenti normativi e giurisprudenziali a favore . Ad esempio, se si contesta la chiusura anticipata dell’attività, si potrebbe evidenziare che è avvenuta per forza maggiore (ad es. disastri naturali, pandemia) e chiedere una proroga; oppure, se l’Agenzia Entrate nega una detrazione per carenza di documenti, allegare ora i documenti mancanti sottolineando che non erano disponibili prima per cause oggettive. La memoria dovrebbe concludersi con una richiesta chiara – ad esempio: “si chiede l’archiviazione del procedimento di revoca” oppure “si chiede la rettifica in autotutela dell’accertamento”. Un tono collaborativo ma fermo, supportato da prove e riferimenti precisi, può spesso indurre l’Amministrazione a rivalutare la propria posizione.
• Regolarizzazione tempestiva: se l’oggetto della contestazione è un adempimento omesso o ritardato, spesso la cosa migliore è porvi rimedio immediatamente prima che cada la scure. Esempi: se il problema è il mancato pagamento di alcune rate di mutuo agevolato, pagare subito le rate scadute (o concordare un piano di rientro) può convincere l’ente a non revocare il finanziamento . Se la start-up ha dimenticato di inviare una relazione intermedia sul progetto finanziato, trasmetterla anche se in ritardo, mostrando magari che nel frattempo il progetto procede regolarmente, può evitare la decadenza . È importante però che tale regolarizzazione avvenga prima dell’adozione del provvedimento finale: se si aspetta oltre, l’ente potrebbe procedere comunque, e a quel punto il “ravvedimento” potrebbe non essere considerato.
• Richiesta di proroga o modifica del progetto: quando l’impresa si rende conto che non riuscirà a rispettare certe scadenze o parametri, conviene giocare d’anticipo chiedendo formalmente una proroga o una variazione progettuale. Molti bandi prevedono la possibilità di ottenere proroghe in presenza di motivi validi (es. ritardi nei nulla osta amministrativi, ritardi dei fornitori, crisi di mercato, ecc.) . Ad esempio, se una start-up sa già di non poter completare gli investimenti entro il 31/12, può entro quella data chiedere estensione dei termini, documentando le cause del ritardo. O ancora, si può chiedere una variazione del piano: magari rinunciare a una parte minore del progetto e concentrarsi sul resto, per portarlo a termine nei tempi allungati. Queste richieste vanno motivate con cura ed inviate prima della scadenza o comunque prima che l’ente abbia emesso provvedimenti sanzionatori. A volte ottenere anche solo qualche mese in più può fare la differenza tra completare con successo il progetto (e mantenere il contributo) o fallire e dover restituire tutto.
• Negoziazione e soluzioni transattive: soprattutto se l’impresa è in difficoltà finanziaria, può essere saggio tentare un accordo con l’ente concedente. Ad esempio Invitalia, in alcuni casi di revoca di vecchi bandi, ha mostrato apertura a piani di rientro ristrutturati o persino a transazioni stragiudiziali . Se ci sono spiragli, coinvolgere un legale esperto che proponga una soluzione può evitare un lungo contenzioso. Immaginiamo un contributo di 200k da restituire: la start-up potrebbe offrire di pagarne subito 100k e i restanti 100k rateizzati in 2 anni, chiedendo in cambio la rinuncia alle sanzioni e interessi (o una loro forte riduzione). L’ente, specie se teme che la società fallisca e non paghi nulla, potrebbe accettare un recupero parziale come “male minore”. Chiaramente questo approccio richiede disponibilità di entrambe le parti e non sempre è praticabile, ma vale la pena tentarlo quando il contesto lo consente.
• Istanze di autotutela: ogni Pubblica Amministrazione ha il potere di annullare d’ufficio i propri atti se li ritiene illegittimi o infondati, per rimediare ad errori (c.d. autotutela amministrativa, art. 21-nonies L. 241/90). Il privato può sollecitare ciò presentando una istanza motivata di autotutela. Questo strumento è utile se emergono evidenti errori di fatto o di diritto nell’atto. Ad esempio, se una revoca si basa sul presupposto fattuale che “non avete presentato il collaudo finale” e l’impresa invece lo aveva presentato nei termini (magari smarrito dall’ufficio), con l’istanza di autotutela si chiede all’ente di prendere atto dell’errore e annullare la revoca . Oppure, se un avviso fiscale contiene errori di calcolo macroscopici, conviene segnalarli chiedendo la rettifica in autotutela. Va detto che l’autotutela è un potere discrezionale della PA: l’ente può anche ignorare la richiesta. Inoltre la presentazione dell’istanza non sospende i termini per ricorrere (né sospende l’efficacia dell’atto salvo che l’ente lo disponga). Quindi è uno strumento da usare con cautela: bene inviarlo se c’è un errore lampante, ma senza farci completo affidamento, e soprattutto senza far decorrere nel frattempo i termini del ricorso (che vanno comunque rispettati per sicurezza) .
• Ricorso gerarchico o in opposizione: in alcuni settori, le norme di settore prevedono ricorsi amministrativi interni avverso certi atti. Ad esempio, per alcuni incentivi è ammesso entro 30 giorni un ricorso al Ministero vigilante (cd. ricorso gerarchico) contro la decisione di un ente attuatore . Se previsto, è indicato nel provvedimento stesso o nel bando. Questo ricorso è una sorta di “appello” amministrativo: un’autorità gerarchicamente superiore (es. il Ministero delle Imprese e Made in Italy per un bando Invitalia) riesamina il caso . Storicamente, il successo di tali ricorsi non è frequente, ma presentarlo può sospendere l’efficacia immediata della revoca in attesa della decisione e costituisce comunque un ulteriore tentativo di soluzione prima di andare in giudizio. Analogamente, in materia di garanzie MCC citata sopra, la circolare “sanatoria” 6/2023 ha previsto una sorta di procedura di opposizione interna ai risultati dei controlli, dando modo all’impresa di fornire spiegazioni e chiedere la riapertura del caso . Conviene quindi sempre verificare se esistano rimedi amministrativi specifici (ricorsi a commissioni tecniche, opposizioni) e utilizzarli nei tempi previsti.

Se, esauriti questi rimedi endoprocedimentali, l’esito rimane negativo (ad es. l’ente conferma la revoca, oppure l’Agenzia Entrate emette l’avviso di accertamento), non resta che la via del ricorso giurisdizionale per evitare che l’atto diventi definitivo e che inizino le azioni di recupero (ingiunzioni, cartelle, ecc.) .

Prima di passare alla fase giudiziale, una nota sull’interlocuzione con la Guardia di Finanza: spesso è la GdF che, attraverso ispezioni e verifiche, rileva le irregolarità poi contestate formalmente da Agenzia Entrate o dagli enti. Durante una verifica fiscale o un’indagine per contributi, la start-up deve tenere un atteggiamento collaborativo ma accorto. È bene fornire i documenti richiesti (anche per evitare l’infrazione del genere “omessa esibizione di documenti”), ma al tempo stesso è importante farlo con assistenza di un professionista quando possibile, per spiegare i dati in modo corretto e non fornire interpretazioni affrettate che possano essere travisate. Al termine della verifica fiscale, la GdF redige un Processo Verbale di Constatazione (PVC): l’impresa ha diritto di presentare osservazioni e memorie difensive entro 60 giorni prima che l’Agenzia emetta l’avviso di accertamento basato su quel PVC (art. 12 c.7 L. 212/2000). È una finestra difensiva da sfruttare: si possono correggere errori di valutazione dei verificatori o fornire elementi che nel PVC mancano, magari convincendo l’Ufficio a mitigare le contestazioni. Se invece la GdF agisce come polizia giudiziaria (indagine penale per truffa, frode fiscale ecc.), la situazione è più delicata: l’imprenditore e i manager dovrebbero nominare da subito un difensore penalista, avvalersi della facoltà di non rispondere se non pronti, ed eventualmente valutare strategie come il patteggiamento qualora vi siano prove schiaccianti di frode (il blog degli autori suggerisce ad es. che, di fronte a prove irrefutabili, può convenire patteggiare per contenere le pene) . In ogni caso, rimborsare tempestivamente il contributo o il credito indebito può essere visto positivamente anche in sede penale, potendo talvolta evitare l’aggravante o portare all’estinzione di alcuni reati minori (per l’indebita percezione di erogazioni, l’art. 316-ter c.p. prevede la non punibilità se prima del giudizio si estingue il debito con l’erario). Dunque cooperare restituendo il maltolto può essere una scelta strategica per attenuare le conseguenze penali e contabili, specie nei casi più gravi.

Fase giudiziale: ricorso in sede tributaria, amministrativa o civile

Se la fase amministrativa non ha impedito l’adozione dell’atto sfavorevole, l’unica via è impugnarlo in giudizio. Come premesso, è fondamentale individuare la giurisdizione competente in base alla natura della controversia, poiché un ricorso al giudice sbagliato verrebbe dichiarato inammissibile (con perdita di tempo e risorse). In linea generale:

• Le controversie relative ad atti impositivi fiscali (avvisi di accertamento dell’Agenzia Entrate, cartelle esattoriali per recupero di crediti d’imposta, dinieghi di agevolazioni tributarie in dichiarazione) rientrano nella giurisdizione delle Corti di Giustizia Tributaria (già Commissioni Tributarie). Ad esempio, se l’Agenzia Entrate revoca una detrazione o recupera un credito R&S fruito dalla start-up, l’impugnazione va proposta entro 60 giorni dinanzi alla CGT di primo grado competente per territorio (solitamente quella della sede della società) . Il giudizio tributario ha regole proprie (D.Lgs. 546/1992, riformato nel 2022) ed è strutturato su due gradi di merito (provinciale e regionale, ora denominate CGT di primo e secondo grado) più l’eventuale ricorso in Cassazione per soli motivi di legittimità. Nota bene: nel ricorso tributario è cruciale contestare formalmente ogni addebito e quantificazione, e chiedere anche la sospensione dell’esecuzione dell’atto impugnato (soprattutto se si tratta di un accertamento esecutivo) per evitare che l’importo venga iscritto a ruolo prima della sentenza.
• Le controversie relative a provvedimenti amministrativi discrezionali (revoche di contributi da parte di ministeri, atti di Invitalia, cancellazione da registri, ecc.) spettano di norma al giudice amministrativo (TAR). Il TAR competente è quello del luogo in cui ha sede l’autorità che ha emanato l’atto (spesso TAR Lazio per atti ministeriali nazionali, altrimenti TAR regionali). Il ricorso va notificato all’autorità emanante entro 60 giorni dalla notifica del provvedimento impugnato. Davanti al TAR si possono far valere vizi di legittimità quali eccesso di potere, violazione di legge, difetto di motivazione, ecc., chiedendo l’annullamento dell’atto di revoca. Ad esempio, se Invitalia ha revocato un contributo senza adeguata motivazione o senza tener conto di circostanze decisive fornite dall’impresa, si ricorre al TAR per far annullare la revoca. In parallelo, si può chiedere una sospensiva cautelare (di solito ottenibile in tempi brevi, se si dimostra un danno grave e immediato dall’esecuzione dell’atto, ad es. arrivo di cartella). La sentenza del TAR è appellabile al Consiglio di Stato entro 30 giorni. Un possibile ostacolo, come accennato, riguarda le questioni di giurisdizione: in alcuni casi di revoca di contributi, specialmente quando l’agevolazione è regolata da contratto, la giurisprudenza ha dibattuto se sia materia da giudice ordinario o amministrativo. La distinzione tecnica è complessa, ma semplificando: se prevale l’aspetto pubblicistico-discrezionale (provvedimento basato su violazione di obblighi ex lege), la giurisdizione è del TAR; se invece si tratta di controversie su fasi esecutive di rapporti obbligatori privatistici (es. l’ente agisce come creditore per risoluzione contrattuale), potrebbe essere competente l’autorità giudiziaria ordinaria (tribunale civile) . Ad esempio, nel caso citato del TAR Lazio n. 10529/2020, il giudice amministrativo dichiarò il ricorso inammissibile ritenendo che la revoca per cessazione anticipata attività avesse natura di accertamento di decadenza “ipso iure” e che la contestazione sul diritto al contributo spettasse al giudice ordinario come controversia sul rapporto contrattuale risolto . Questa materia non è pacifica, quindi è altamente consigliato analizzare i precedenti giurisprudenziali e, nel dubbio, valutare se agire anche in sede civile per non precludere la tutela.
• Le controversie relative a rapporti privatistici derivanti da agevolazioni possono finire davanti al giudice civile ordinario. Ciò avviene, ad esempio, per le questioni di recupero crediti post-revoca (come l’opposizione a una cartella esattoriale basata su un contratto risolto, oppure l’insinuazione al passivo fallimentare di MCC per un debito da garanzia escussa). In tal sede ci si muove con gli strumenti del codice di procedura civile: opposizione a decreto ingiuntivo o a cartella (ex art. 615 c.p.c.), cause di cognizione ordinaria per contestare pretese di pagamento, ecc. Un caso peculiare è se la start-up fallisce: i crediti degli enti finanziatori o di MCC entreranno nel passivo e potranno sorgere contenziosi fallimentari. La Cassazione, ad esempio, ha stabilito che MCC (Fondo garanzia) che ha pagato la banca può insinuarsi al fallimento del debitore con privilegio (equiparando la sua pretesa a quella di un credito bancario garantito) , il che è un vantaggio per lo Stato. Comunque, quando si arriva a questo punto, la difesa dell’impresa come entità è limitata (dato che in fallimento agisce il curatore).
• Un ultimo fronte è quello della Corte dei Conti, competente sui giudizi di responsabilità amministrativa (danno erariale). Questa però non è un’istanza di impugnazione dell’atto di revoca, bensì un procedimento autonomo promosso dalla Procura contabile contro gli amministratori (o funzionari pubblici coinvolti) per recuperare il danno. Se si viene citati in Corte dei Conti, occorre difendersi dimostrando di non aver causato danno al pubblico erario o comunque chiedendo eventualmente la riduzione del quantum addebitato. È un giudizio che segue regole proprie (legge Corte dei Conti), dove è consigliabile farsi assistere da avvocati specializzati in contabilità pubblica. La strategia può includere il far valere la propria diligenza e buona fede (se ad es. l’impresa è fallita non per colpa degli amministratori ma per cause di mercato, si può tentare di escludere la responsabilità personale), oppure proporre il risarcimento parziale in via transattiva per chiudere la vicenda. Ad esempio, a volte la Procura accetta che gli amministratori versino spontaneamente una parte del danno in cambio della rinuncia ad azione penale, etc. . È chiaro che si tratta di situazioni limite, legate spesso a casi di frode conclamata o insolvenza senza restituzione.

Riassumendo sulla fase giudiziale: determinare il foro competente è cruciale. In caso di dubbio, può essere utile presentare ricorso sia al TAR sia con citazione al tribunale civile, per poi far decidere al giudice (purché nei termini). Ad esempio, in passato imprese prudenti hanno impugnato una revoca sia avanti al TAR sia, una volta ricevuta la cartella, in sede civile, per evitare di trovarsi senza tutela per questioni di riparto. La giurisprudenza più recente tende comunque a distinguere: aspetti relativi alla legittimità dell’atto di revoca (discrezionalità amministrativa) → TAR; aspetti relativi al pagamento dovuto dopo la revoca (rapporto obbligatorio) → giudice ordinario . Questa linea, confermata anche dal Consiglio di Stato in varie pronunce (es. CdS sez. VI n. 6659/2018) , implica spesso che il ricorso al TAR possa non essere accolto se l’azienda ha effettivamente violato la condizione (il giudice amministrativo dice “mancano i requisiti, la revoca è atto dovuto, la buona fede non salva il contributo” ), lasciando al giudice ordinario solo spazi per pattuire eventualmente modalità di pagamento. In ogni caso, tempestività e competenza sono essenziali: è opportuno farsi seguire da professionisti esperti di diritto tributario e amministrativo, data la tecnicità delle questioni.

Il ruolo della Corte dei Conti e la responsabilità erariale

Come anticipato, una particolare prospettiva è quella della Corte dei Conti, che può intervenire non tanto per annullare l’agevolazione, ma per sanzionare il danno alle casse pubbliche derivante da agevolazioni indebitamente fruite e non recuperate. La Procura regionale presso la Corte dei Conti può infatti citare in giudizio per responsabilità amministrativa contabile gli amministratori (o i liquidatori/fallimenti) delle società beneficiarie, chiedendo loro il risarcimento del danno erariale che si concretizza quando un contributo pubblico non viene restituito dopo la revoca . Ciò avviene specialmente nei casi di frode o negligenza grave. Ad esempio, nella sentenza Corte dei Conti Lazio n. 329/2020 citata, la società aveva perso il contributo e non aveva rimborsato le somme: i giudici hanno ritenuto gli amministratori responsabili, affermando che la loro condotta aveva causato allo Stato un danno pari ai fondi non recuperati, perché di fatto l’erario aveva speso soldi senza ottenere il risultato atteso . Hanno inoltre sottolineato che la buona fede del beneficiario non impedisce la revoca né elimina l’obbligo di restituzione – può semmai servire ad evitare sanzioni penali aggiuntive o attenuare la colpa, ma non fa salvo il contributo indebito .

Per un amministratore di PMI innovativa, essere chiamato in Corte dei Conti significa rischiare di dover pagare personalmente importi molto elevati. La difesa in questi giudizi punta a dimostrare che: – non vi è stato un vero danno erariale (es. perché l’opera finanziata è rimasta alla PA o il progetto ha prodotto benefici non economici); – oppure che il mancato recupero non è imputabile a mala gestione ma a sfortune (es. fallimento azienda per cause di mercato, con impossibilità oggettiva di rimborsare); – oppure ancora che la quantificazione del danno è eccessiva (magari parte del contributo aveva generato output utili).

Si possono inoltre invocare circostanze attenuanti o transigere: ad esempio, se i manager propongono di versare una somma a titolo risarcitorio, la Procura a volte riduce le pretese (specie se ciò consente di chiudere anche eventuali pendenze penali in corso) . A differenza dei giudizi tributari o amministrativi, dove si discute della legittimità o del quantum del beneficio, in Corte dei Conti il focus è sulla condotta colpevole degli amministratori e sul conseguente danno allo Stato. Si entra dunque in un terreno di valutazione della diligenza professionale e dell’eventuale dolo. Ad esempio, se emerge che i vertici aziendali sapevano di non avere i requisiti e hanno comunque preso i soldi, la Corte dei Conti sarà inflessibile; se invece la revoca è dovuta a sfortuna e i manager hanno fatto tutto il possibile, potrebbero essere scagionati.

Va ricordato che un giudizio contabile non esclude un parallelo processo penale: spesso in casi di frodi ai fondi pubblici, Procura della Repubblica e Procura contabile procedono entrambe. Tuttavia, estinguere il danno erariale (pagando) prima della condanna penale può essere visto positivamente dal giudice penale in sede di determinazione della pena. Dunque, in un’ottica di difesa globale, il rimborso di quanto contestato – per quanto doloroso – a volte è la strategia meno rischiosa, soprattutto se c’è rischio di condanna per truffa ai danni dello Stato.

In conclusione, la Corte dei Conti rappresenta il “terzo tempo” di una contestazione grave: scatta se l’impresa non paga e lo Stato vuole rivalersi su chi ha preso decisioni. Un imprenditore avveduto deve fare il possibile per evitare di arrivare a questo punto, ad esempio onorando per quanto possibile il debito verso l’erario (anche ratealmente o parzialmente, cercando accordi). Allo stesso tempo, sapere che esiste questa eventualità può motivare a mantenere sempre la massima trasparenza e correttezza quando si richiedono e utilizzano fondi pubblici, per non esporsi ad accuse di mala gestione.

Orientamenti giurisprudenziali recenti

A beneficio dei lettori, riportiamo alcune pronunce giurisprudenziali aggiornate che hanno affrontato questioni rilevanti per la materia in esame, con una sintetica indicazione del principio espresso:

• Cassazione civile, sez. Trib., ord. 22 ottobre 2024 n. 27293 – Ha ribadito che “le circolari dell’Amministrazione finanziaria sono meri atti interni, non vincolanti né per i contribuenti né per i giudici” . Non possono quindi introdurre ex novo cause di decadenza dalle agevolazioni non previste da una norma primaria. (Conferma un orientamento consolidato: v. anche Cass. 1335/2024 e altre).
• TAR Lazio, sez. III, sent. 23 ottobre 2020 n. 10529 – In tema di revoca di contributo (caso di impresa beneficiaria di “Autoimprenditorialità” ex D.Lgs. 185/2000 che aveva chiuso prima dei termini), ha dichiarato il ricorso inammissibile per difetto di giurisdizione: ha ritenuto che nella fase esecutiva del rapporto agevolativo, la posizione del privato fosse degradata a interesse di fatto e che la tutela spettasse al giudice ordinario . (Sentenza discussa: evidenzia i dubbi sul riparto di giurisdizione in casi di revoca, come visto sopra.)
• Consiglio di Stato, sez. VI, sent. 23 novembre 2018 n. 6659 – Ha affermato che il potere della PA di revocare o dichiarare la decadenza di un’agevolazione è vincolato al riscontro dei presupposti di legge e l’interesse privato (anche se in buona fede) non può prevalere sull’obbligo dell’amministrazione di verificare il rispetto delle condizioni . Inoltre, la buona fede del beneficiario non impedisce la revoca se mancano i requisiti (può semmai rilevare per evitare ulteriori sanzioni, ma non per conservare il contributo indebito) . (Linea rigorosa a tutela dell’erario, poi confermata da Cass. e CdC in altre sedi.)
• Corte dei Conti, sez. giurisd. Lazio, sent. 3 agosto 2020 n. 329 – Caso di contributi Invitalia revocati per inadempimento: ha sancito che gli amministratori della società beneficiaria possono essere chiamati a rispondere del danno erariale se le somme erogate non vengono restituite dopo la revoca . Il venir meno di un requisito contrattuale fondamentale legittima la decadenza e, se l’impresa non rimborsa, il “buco” creato nelle finanze pubbliche può essere imputato a titolo di colpa grave agli organi societari . (Monito importante: i manager non possono disinteressarsi delle restituzioni dovute, pena coinvolgimenti personali).
• Agenzia Entrate – Risposta a interpello n. 167/2023 – Ha chiarito che nel regime di stock option esentasse per dipendenti di start-up/PMI innovative, l’agevolazione resta applicabile anche se la società perde lo status speciale prima che le opzioni siano esercitate, purché al momento dell’assegnazione iniziale dei diritti la società fosse in regime agevolato . In sostanza, conta lo status al momento del granting, non al momento del vesting. (Conferma interpretativa utile per difendersi da eventuali pretese di tassazione da parte di INPS/Agenzia su stock option esercitate dopo la perdita dei requisiti: non vanno tassate né assoggettate a contributi se originariamente assegnate in regime di esenzione.)

Queste pronunce mostrano un quadro variegato: talora i giudici adottano un approccio rigoroso a tutela delle finanze pubbliche (revoca e recupero automatico se mancano i requisiti, responsabilità severa per i trasgressori), talora riconoscono importanti garanzie ai privati (diritto a motivazione chiara, irrilevanza di meri orientamenti amministrativi, tutela dell’affidamento in particolari casi). Ogni situazione andrà quindi valutata alla luce di tali principi, cercando i precedenti più pertinenti che possano sorreggere la tesi difensiva dell’impresa.

Tabelle riepilogative

Di seguito presentiamo una tabella riassuntiva di alcuni scenari tipici di contestazione/revoca di agevolazioni e delle relative possibilità di difesa, con indicazione di tempistiche, conseguenze in caso di esito sfavorevole e possibili soluzioni:

(Legenda: in grassetto le parole chiave; “revoca pro-quota” = revoca parziale proporzionata; holding period = periodo minimo di mantenimento investimento).

Le situazioni sopra illustrate coprono i casi più comuni, ma ogni contestazione fa storia a sé. Si noti come la tempestività nel reagire (pagare, spiegare, ricorrere) sia un denominatore comune delle strategie difensive efficaci. Inoltre, l’analisi preventiva dei rischi (es. sapere in anticipo quali spese potrebbero non essere ammissibili, o quali clausole contrattuali attivano la decadenza) può evitare di incorrere nei problemi: investire in compliance conviene, specie per aziende innovative che spesso navigano in acque normative nuove.

Domande frequenti (FAQ)

Di seguito una serie di domande e risposte che ricorrono spesso quando si parla di agevolazioni per PMI innovative contestate e delle possibili difese:

D: Cosa succede se la mia start-up (o PMI innovativa) perde i requisiti richiesti dalla legge? Devo restituire le agevolazioni già ottenute?
R: Dipende dal motivo della perdita dei requisiti. Se lo status viene meno per normale decorso del tempo (ossia al termine del periodo massimo consentito) non c’è decadenza delle agevolazioni già fruite . Ad esempio, se la start-up “esce” dal regime dopo 5 anni (o 3 anni secondo le nuove norme) in modo naturale, gli investitori non perdono le detrazioni spettanti . L’impresa dovrà però ricominciare a pagare quelle imposte e oneri da cui era esonerata per legge (es. bolli, diritti camerali) dal momento in cui torna “ordinaria”. Viceversa, se la perdita di qualifica è dovuta a una violazione (es. falsa dichiarazione o omissione di un adempimento obbligatorio), allora le agevolazioni godute diventano indebitamente fruite e l’Amministrazione può pretenderne la restituzione . In pratica:
– Se la decadenza è fisiologica (scadenza termini, crescita dimensionale oltre soglie), non si restituisce nulla di quanto legittimamente fruito .
– Se è patologica (requisiti mai avuti, persi per omissione colpevole), i benefici fiscali e contributivi vanno restituiti con interessi, perché considerati “sine titulo” .
In ogni caso, la Camera di Commercio chiederà di versare bollo e diritti risparmiati durante il periodo di iscrizione speciale, poiché la legge lo prevede espressamente alla cessazione dello status .

D: La mia società ha ricevuto un contributo a fondo perduto, ma non è riuscita a completare tutto il progetto finanziato. Mi stanno revocando l’agevolazione: posso difendermi in qualche modo per non restituire tutto?
R: Sì, può provare a difendersi su due fronti: in via amministrativa e, se necessario, in via giudiziale. Prima di tutto, se non ha completato il progetto ma ne ha realizzato una parte, può chiedere che la revoca sia parziale (proporzionata alla parte non realizzata) . Nelle controdeduzioni all’ente finanziatore, sottolinei i risultati comunque raggiunti e magari le cause indipendenti che le hanno impedito di fare il resto, chiedendo di rinegoziare l’accordo: ad esempio, restituire solo la quota di fondi relativa alle attività non svolte. Se l’ente è rigido e revoca tutto, dovrà valutare un ricorso al TAR (o al giudice ordinario se il caso) per eccesso di potere, invocando il principio di proporzionalità: se l’80% del progetto era fatto, revocare il 100% del contributo potrebbe essere ritenuto sproporzionato. La giurisprudenza a volte ha convertito revoche totali in revoche parziali in casi analoghi. Inoltre, se ci sono state cause di forza maggiore (es. pandemia, crisi settoriale) che spiegano il mancato completamento, li evidenzi fortemente: potrebbero costituire motivo per annullare o mitigare la revoca. L’obiettivo è evitare di restituire l’intera somma: meglio restituirne una parte subito (magari offrendola in via transattiva) che affrontare la richiesta integrale. Una transazione con l’ente, se possibile, è spesso la via più rapida: ad esempio concordare di pagare il 50% subito in cambio della chiusura del caso. Se invece tutto fallisce, nel giudizio potrà chiedere al giudice almeno una rateazione del rimborso, per non essere soffocata finanziariamente da un pagamento unico.

D: L’Agenzia delle Entrate mi ha contestato la detrazione per investimento in start-up perché sostiene che la start-up non aveva i requisiti o che l’investimento era anomalo. Come posso difendermi?
R: In questi casi la difesa consiste nel dimostrare la legittimità formale e sostanziale dell’investimento e nello smontare le eventuali pretese “creative” del Fisco. Prima cosa: verifichi se, al momento in cui Lei ha investito, la start-up fosse regolarmente iscritta nella sezione speciale e avesse depositato tutta la documentazione (atto costitutivo, piano innovativo, conferma annuale). Se sì, l’impresa era de iure una start-up innovativa e Lei aveva titolo alla detrazione . L’Agenzia talvolta cerca di contestare ex post requisiti come l’“oggetto innovativo” o la presenza di dipendenti qualificati, ma se la CCIAA aveva accettato l’iscrizione, Lei può far valere il legittimo affidamento sullo status dell’azienda. Secondo: se le contestano aspetti come la proporzionalità tra investimento e quote o la mancanza di un piano di exit, faccia presente che nessuna norma richiede tali elementi per la detrazione . Sono interpretazioni arbitrarie (magari basate su circolari) e come tali vanno respinte citando la Cassazione che nega valore precettivo alle circolari . Terzo: sul piano probatorio, fornisca tutta la documentazione dell’investimento – bonifici, delibere di aumento di capitale, iscrizione al Registro – per mostrare che l’apporto è effettivo. Se l’Agenzia insinua che la start-up era “finta” o non operativa, produca magari evidenze dell’attività svolta dalla società (sito web, brevetti depositati, spese R&S effettuate). In Commissione Tributaria, il giudice valuta i fatti: se Lei dimostra di aver investito in buona fede in una società che era ufficialmente riconosciuta innovativa, difficilmente potranno revocarLe il bonus, a meno di irregolarità macroscopiche. Ricordi anche che, se la start-up ha perso i requisiti dopo il Suo investimento per decorso del tempo o superamento limiti, ciò non tocca il Suo diritto alla detrazione . Solo se fosse emerso che l’azienda non era mai innovativa ab origine la detrazione verrebbe meno, ma questo l’onere della prova spetta all’Agenzia. In definitiva, si faccia assistere da un tributarista, contesti in fatto (requisiti presenti) e in diritto (no basi per ulteriori condizioni) e, se applicabile, evidenzi eventuali cambi normativi a favore (ad esempio la nuova norma del 2024 sulle cessioni non volontarie di quote, se attinente al caso Suo).

D: Ho assunto personale con stock option esenti quando eravamo start-up, ma adesso che non abbiamo più lo status l’INPS pretende i contributi su quelle quote assegnate ai dipendenti. Può farlo?
R: No, se le stock option (o work-for-equity) sono state assegnate quando la società aveva lo status di start-up/PMI innovativa, mantengono l’esenzione fiscale e contributiva prevista dall’art. 27 D.L. 179/2012 . L’Agenzia delle Entrate lo ha chiarito espressamente nella risposta a interpello n. 167/2023 : l’importante è la qualifica della società al momento dell’assegnazione del diritto di opzione; se poi al momento dell’esercizio/vested la società è ordinaria, non fa decadere l’agevolazione già acquisita. Dunque l’INPS (e il Fisco) non possono richiedere contributi né imposte su quelle azioni/opzioni, poiché al momento del grant il reddito di lavoro era esente per legge e tale rimane. Può rispondere all’INPS citando la normativa e, se serve, esibendo la risposta n.167/2023 AE come interpretazione autentica . Se l’INPS insiste, dovrà eventualmente fare ricorso al Comitato dei delegati o al giudice del lavoro, ma con buone probabilità di vittoria perché la normativa è chiara. Diverso sarebbe se aveste assegnato stock option dopo aver perso lo status – in tal caso purtroppo non c’è esenzione e vanno trattate come fringe benefit normali.

D: La Guardia di Finanza si è presentata in azienda per controllare il credito d’imposta R&S che abbiamo utilizzato. Qual è il modo migliore di comportarsi durante la verifica?
R: Mantenga la calma e sia collaborativo ma preciso. La GdF ha poteri di polizia tributaria, quindi può chiedere documenti, email, ecc. Prepari in anticipo (se ancora non l’ha fatto) un dossier di progetto R&S con tutti i documenti: relazione tecnica sul progetto, giustificativi di spesa, calcoli del credito, certificazione del revisore (se prevista). Consegnare spontaneamente un fascicolo ordinato e completo può dimostrare trasparenza e competenza, magari orientando i verificatori a valutare positivamente. Eviti assolutamente di occultare o falsificare documenti – peggiorerebbe solo la situazione se scoperto, portando a reati penali. Se i militari pongono domande tecniche, fornisca risposte accurate: se non sa o non è sicuro, è meglio dire che certi dettagli verranno forniti per iscritto successivamente (ha diritto di presentare osservazioni scritte anche dopo il verbale). Ha inoltre diritto di farsi assistere da un professionista (commercialista o avvocato): se li ha, coinvolga subito i consulenti, sia per gestire le richieste che per curare poi le eventuali controdeduzioni al PVC. Quando la GdF concluderà la verifica, redigerà un PVC (Processo Verbale di Constatazione): legga attentamente ogni rilievo e firmi con riserva se qualcosa non la convince. Da quel momento, ha 60 giorni per presentare osservazioni scritte: le usi per correggere eventuali errori di fatto o valutazione nel PVC, e per allegare magari ulteriori prove a suo favore. Ad esempio, se la GdF ha ritenuto non innovativa un’attività, allegare un parere di un professore universitario che la qualifica come R&S può aiutare a ribaltare la posizione. Ricordi che in fase di verifica è importante mostrare atteggiamento cooperativo: rispondere aggressivamente o ostacolare gli operanti non serve (anzi può portare a sanzioni per intralcio). Sia rispettoso, fornisca quanto richiesto (nei limiti della legalità) e prenda nota di ogni documento esibito. Infine, tenga a mente che quanto dichiarerà ai finanzieri potrà essere usato nel procedimento: quindi non improvvisi spiegazioni tecniche se non è sicuro – meglio dire “lo approfondiremo e forniremo chiarimenti”. Un ultimo consiglio: se durante la verifica si rende conto che effettivamente avete commesso qualche errore (ad es. avete incluso spese non ammissibili per sbaglio), consideri di ammetterlo e magari offrire di rettificare spontaneamente la dichiarazione, mostrando buona fede. In alcuni casi questo ha portato a chiudere la vicenda in via amministrativa con il solo recupero del dovuto e sanzioni ridotte, evitando guai peggiori.

D: In caso di contestazione di un’agevolazione, a quale giudice devo rivolgermi per fare ricorso?
R: Dipende dal tipo di atto contestato. Riassumendo:
– Se si tratta di un atto fiscale (avviso di accertamento per credito d’imposta, diniego di detrazione, cartella per recupero somme), la competenza è delle Corti di Giustizia Tributaria (ex Commissioni Tributarie) . Bisogna fare ricorso entro 60 giorni dall’atto, altrimenti diventa definitivo.
– Se si tratta di un provvedimento amministrativo di revoca/decadenza emanato da un ente pubblico (Ministero, Invitalia, Regione ecc.), generalmente si ricorre al TAR competente entro 60 giorni . Ad esempio, revoca di un bando -> TAR; cancellazione dal registro imprese -> TAR.
– Se si tratta di una richiesta di pagamento conseguente a un rapporto contrattuale (ad es. cartella esattoriale per escussione Fondo garanzia, ingiunzione di Invitalia per somme dovute), spesso è competente il giudice ordinario (Tribunale civile). In questi casi di solito l’ente agisce come creditore e il contenzioso è su diritti soggettivi di credito. Ad esempio, opposizione a una cartella -> giudice ordinario (se la cartella non deriva da tributi).
A volte il confine non è chiaro: in caso di dubbio consulti un legale e magari si valuta un doppio binario (presentare ricorso al TAR e parallelamente agire in sede civile) per sicurezza. Fare ricorso al giudice sbagliato comporta inammissibilità. Le sentenze hanno tracciato qualche linea guida, ma restano zone grigie. Ad esempio, per la revoca di contributi pubblici: alcuni TAR dicono che è materia loro perché c’è esercizio di potere pubblico; altri (come visto in TAR Lazio 10529/2020) hanno detto che, una volta firmato il contratto e erogati i soldi, è rapporto privatistico e conta il giudice ordinario . Quindi prudenza: non dia per scontato il foro, si faccia consigliare in base al caso concreto. Naturalmente, per i profili di responsabilità erariale risponde davanti alla Corte dei Conti (ma lì sarebbe la Procura contabile a citarla, non è un suo ricorso). Se, invece, c’è un eventuale processo penale per frodi, lì andrà davanti al Tribunale penale competente territorialmente. Ma per il ricorso contro l’atto amministrativo/fiscale, le indicazioni sono quelle sopra.

D: Se un’agevolazione mi viene revocata, devo restituire subito tutto in un’unica soluzione? Posso chiedere una rateizzazione?
R: In genere, l’atto di revoca o la successiva ingiunzione di pagamento intimano la restituzione integrale entro un termine (ad es. 30 giorni). Se non paga, l’importo viene iscritto a ruolo e l’Agente della Riscossione le notificherà una cartella. A quel punto, però, ha la possibilità di chiedere una rateizzazione della cartella (secondo le regole generali: fino a 72 rate mensili se il debito supera certe soglie, o fino a 120 rate in caso di grave difficoltà economica comprovata). Quindi sì, può ottenere un pagamento dilazionato con rate normalmente mensili. L’importante è che la cartella non sia già scaduta o che, se ha fatto ricorso, chieda comunque la sospensione della riscossione in attesa del giudizio. Alcuni enti, ancor prima di andare a ruolo, accettano piani di rientro: ad esempio Invitalia in certi casi di revoca concede direttamente una dilazione amministrativa (specie se l’impresa non è fallita e mostra volontà di pagare). Le condizioni però non sono automatiche e spesso prevedono comunque interessi. Se ha difficoltà, la strategia migliore è:
1. Non ignorare le comunicazioni: se non riesce a pagare tutto subito, risponda all’ente segnalando la volontà di pagare ma la necessità di diluire nel tempo. Magari allegando prospetti finanziari per dare credibilità alla richiesta.
2. Se l’ente rifiuta e emette cartella, presenti subito domanda di rateazione all’ADER (Agenzia Riscossione). È un procedimento abbastanza semplice se rispetta i requisiti (per debiti fino a €120k non serve dimostrare nulla, oltre serve documentare calo fatturato ecc.).
Attenzione: la rateazione non blocca il contenzioso. Se sta facendo ricorso contro la revoca, può comunque chiedere la rateazione “con riserva” di ricalcolare il dovuto in base all’esito del ricorso. Se poi vincerà in giudizio, le rate pagate in più le saranno restituite. Se invece non paga né chiede rate, rischia misure cautelari (fermo auto, ipoteche) e procedure esecutive. Quindi, sì assolutamente richieda la rateizzazione se non ha la liquidità per saldare: è un diritto del contribuente/destinatario e consente di evitare il tracollo immediato.

D: Gli amministratori rischiano qualcosa personalmente in caso di revoca di un’agevolazione?
R: Sì, in determinate circostanze possono rischiare sia sul piano contabile che penale. Sul piano contabile (Corte dei Conti), come spiegato, se l’impresa non restituisce volontariamente le somme dovute, la Procura può rivalersi sugli amministratori per danno erariale . Questo succede soprattutto se c’è stata colpa grave o dolo da parte loro nel far ottenere indebitamente quei fondi o nel non restituirli. Ad esempio, amministratori che incassano un contributo, poi distraggono le somme e lasciano fallire la società senza pagare, sono candidati a condanna personale. La Corte dei Conti può ordinare loro di pagare di tasca propria l’importo non recuperato (magari con interessi e spese). Sul piano penale, se la revoca è dovuta a condotte fraudolente (dichiarazioni false, utilizzo di documenti falsi, distrazione di fondi), gli amministratori possono essere imputati per reati come truffa ai danni dello Stato (art. 640-bis c.p.) o indebita percezione di erogazioni pubbliche (art. 316-ter c.p.). In caso di condanna penale, si rischiano multe salate e anche la reclusione (fino a 3-6 anni per la truffa aggravata). Inoltre, la condanna penale comporta quasi sempre l’interdizione dai pubblici uffici e talvolta l’incapacità a contrattare con la PA per alcuni anni, quindi impossibilità di prendere nuovi contributi. Va detto che se l’azienda e i suoi organi hanno agito in buona fede e la revoca dipende da un errore onesto o da un insuccesso imprenditoriale, difficilmente scatta il penale: occorre un elemento di frode o malizia per integrare i reati. Esempio: presentare fatture false per gonfiare le spese di un progetto – chiaramente penale; invece non riuscire a raggiungere gli obiettivi per crisi di mercato – caso civile/amministrativo ma non penale. Quindi gli amministratori onesti, pur dovendo affrontare magari il recupero contabile, in genere non subiscono incriminazioni. In ogni caso, il miglior comportamento per limitare rischi personali è: collaborare nel ripristinare la legalità (restituire il dovuto appena possibile) e documentare la propria diligenza (tenere verbali e carte che mostrino che non c’era volontà di ledere l’erario). Se poi arriva una citazione in Corte dei Conti o un avviso di garanzia penale, è fondamentale farsi assistere da legali specializzati e valutare anche strategie riparatorie (ad esempio risarcire spontaneamente una parte del danno può attenuare la sanzione in entrambi gli ambiti) .

D: La mia start-up è stata cancellata d’ufficio dal Registro delle Imprese come “start-up innovativa” perché – a detta loro – non ho depositato in tempo un’informativa. Posso riottenere lo status?
R: La cancellazione d’ufficio per mancato adempimento (spesso è il mancato invio della conferma annuale dei requisiti) è prevista dalla legge ed equivale a perdita dei requisiti . In teoria, per riottenere lo status bisognerebbe ri-presentare una nuova domanda di iscrizione dimostrando di nuovo il possesso di tutti i requisiti al momento della nuova domanda (il che, se sono passati più di 60 mesi dalla costituzione, potrebbe non essere più possibile per superamento limiti di età). Purtroppo, nella maggioranza dei casi la cancellazione per omesso adempimento è definitiva quanto a quello status; tuttavia, può iscriversi come PMI innovativa (se ne ha i requisiti) perché per PMI innovative non c’è limite di età e la sua società, pur non essendo più “start-up”, potrebbe essere accettata come PMI innovativa. Se però la cancellazione è avvenuta per un disguido (es. la PEC con la conferma annuale non è mai giunta a destinazione per problemi tecnici, o lei l’aveva inviata ma non risulta), può tentare la strada del ricorso amministrativo: presentare istanza di riesame in autotutela alla Camera di Commercio e, in caso di rifiuto, valutare un ricorso al TAR contro il provvedimento di cancellazione, sostenendo magari che la sanzione è sproporzionata e che i requisiti c’erano tutti. Ci sono stati casi in cui i giudici amministrativi hanno reintegrato aziende nel registro speciale, ma non è garantito. Spesso conviene invece concentrarsi sull’iscrizione come PMI innovativa: depositi la documentazione richiesta per PMI innovative (che è simile, senza limite temporale) e spieghi la situazione. Così almeno continuerà a godere di molte agevolazioni (anche se alcune specifiche per start-up, come l’esonero bolli per i primi anni, non saranno più applicabili). In sintesi: riottenere lo status di start-up non è semplice una volta decaduto, a meno di un intervento normativo (come fu nel 2021 la sanatoria per le costituzioni digitali) . Ma passare a PMI innovativa è la via ordinaria prevista per chi esce dal periodo start-up . E comunque, come lezione per il futuro: tenere traccia degli adempimenti annuali, magari impostando reminder, perché purtroppo la legge è stringente su questi obblighi formali.

D: In futuro, come posso evitare di incorrere in queste contestazioni?
R: La migliore difesa è la prevenzione. Alcuni consigli pratici:
– Conoscere a fondo le condizioni delle agevolazioni: legga bene le norme dei benefici che utilizza, le circolari esplicative, le clausole dei contratti di finanziamento. Così saprà esattamente cosa fare (e non fare) per mantenere il diritto.
– Tenere un dossier di compliance: per ogni incentivo ottenuto, conservi ordinatamente tutti i documenti, scadenze, relazioni da inviare. Adempi puntualmente a invii di report, pagamenti di rate, ecc. Un calendario condiviso col suo team aiuta a non dimenticare nulla.
– Comunicare con gli enti: se vede che sta sforando una scadenza o sorgono problemi, non aspetti che siano loro a scoprirlo e sanzionarla. Iniziativa Lei: scriva, telefoni, chieda proroghe motivando. Spesso gli enti apprezzano la trasparenza e collaborano piuttosto che punire.
– Documentare tutto: ogni spesa che fa con fondi pubblici, ogni azione rilevante del progetto finanziato, la fotografi e descriva. Così, se mai dovesse difendersi, avrà le prove di ciò che è stato fatto.
– Consulenza esperta: si faccia seguire da consulenti (commercialisti, legali) esperti in start-up innovative. Le normative cambiano (come ha visto con la L.193/2024, che ha modificato vari aspetti) ; avere un esperto che la aggiorna e la indirizza può farle evitare errori costosi.
In sostanza, gestione attenta e informata. Le PMI innovative sono per definizione concentrate sul business innovativo – ma devono dedicare risorse anche alla compliance amministrativa. Questo è il trade-off per godere dei benefici: occorre rispettare le regole del gioco. Seguendole, potrà continuare a innovare beneficiando del sostegno pubblico, riducendo al minimo il rischio di contestazioni. In caso contrario, come abbiamo visto, il conto da pagare può essere molto salato.

Agosto 2025 segna un’epoca di transizione normativa per le start-up italiane: con regole di accesso più selettive e investitori più tutelati su alcuni aspetti, le imprese innovative dovranno prestare ancora maggior attenzione alla compliance e alla solidità dei propri piani. Difendersi è possibile, ma la vittoria migliore è evitare la disputa: conoscere le norme, pianificare in anticipo e agire con buonafede rimane la strategia vincente per innovare in sicurezza, senza incorrere in brutte sorprese.

• Circolare del 11/06/2014 n. 16 – Agenzia delle Entrate – DEF Finanze

Hai ricevuto una contestazione dall’Agenzia delle Entrate perché ti sono state negate o revocate le agevolazioni fiscali riservate alle PMI innovative?
Vuoi sapere cosa rischi e come puoi difenderti da queste contestazioni?

Le PMI innovative beneficiano di incentivi fiscali e agevolazioni (deduzioni, esenzioni, accesso semplificato a strumenti di finanza agevolata) a condizione che rispettino requisiti specifici di legge. Se l’Agenzia delle Entrate ritiene che tali requisiti siano mancanti o venuti meno, può procedere al recupero delle agevolazioni già fruite.

👉 Prima regola: verifica la sussistenza effettiva dei requisiti richiesti dalla normativa per le PMI innovative e conserva tutta la documentazione probatoria.

⚖️ Quando scattano le contestazioni

• Mancanza dei requisiti di innovazione (ad esempio, spese in ricerca e sviluppo insufficienti);
• Assenza di certificazioni o iscrizioni nelle sezioni speciali del Registro delle Imprese;
• Irregolarità nei bilanci o nelle comunicazioni obbligatorie;
• Revoca dei benefici per perdita dei requisiti durante il periodo agevolato;
• Errori nella fruizione delle agevolazioni fiscali (deduzioni, esenzioni, crediti d’imposta).

📌 Conseguenze della contestazione

• Recupero delle imposte non versate grazie alle agevolazioni;
• Sanzioni fiscali per indebita fruizione del beneficio;
• Interessi di mora;
• Possibile esclusione da altri strumenti di finanza agevolata e incentivi pubblici;
• Rischio di responsabilità per amministratori e soci in caso di false dichiarazioni.

🔍 Cosa verificare per difendersi

• Iscrizione nella sezione speciale delle PMI innovative: era valida al momento della fruizione?
• Requisiti oggettivi: spese in R&S, titoli di studio dei dipendenti, brevetti e privative industriali;
• Documentazione tecnica e contabile: dimostra l’effettivo possesso dei requisiti;
• Motivazione della contestazione: l’Agenzia deve indicare quali requisiti sarebbero mancanti;
• Rispetto dei termini: la contestazione è stata notificata entro i limiti di legge?

🧾 Documenti utili alla difesa

• Certificazioni e iscrizioni nel Registro delle Imprese;
• Bilanci d’esercizio e note integrative;
• Documentazione delle spese in ricerca e sviluppo;
• Brevetti, marchi e diritti di proprietà intellettuale;
• Comunicazioni PEC o attestazioni di conformità richieste dalla normativa.

🛠️ Strategie di difesa

• Dimostrare il possesso dei requisiti tramite documentazione contabile e tecnica;
• Contestare eventuali errori interpretativi della normativa da parte del Fisco;
• Eccepire vizi formali: motivazione carente, notifica irregolare, decadenza;
• Richiedere autotutela se i requisiti erano effettivamente rispettati;
• Ricorso alla Corte di Giustizia Tributaria entro 60 giorni per sospendere il recupero;
• Mediazione tributaria per ridurre sanzioni e interessi.

🛡️ Come può aiutarti l’Avv. Giuseppe Monardo

📂 Analizza i requisiti e la documentazione tecnica e contabile della tua impresa;
📌 Verifica la legittimità della contestazione dell’Agenzia delle Entrate;
✍️ Predispone memorie difensive e ricorsi per mantenere o recuperare le agevolazioni;
⚖️ Ti rappresenta nel contraddittorio e nei giudizi tributari;
🔁 Suggerisce strategie preventive per gestire in sicurezza gli incentivi alle PMI innovative.

🎓 Le qualifiche dell’Avv. Giuseppe Monardo

✔️ Avvocato esperto in agevolazioni fiscali per imprese e startup;
✔️ Specializzato in difesa di PMI innovative e società tecnologiche contro revoche di incentivi;
✔️ Gestore della crisi iscritto presso il Ministero della Giustizia.

Conclusione

Le contestazioni del Fisco sulle agevolazioni per PMI innovative non sempre sono fondate: spesso derivano da interpretazioni restrittive o da errori documentali.
Con una difesa mirata puoi dimostrare la corretta sussistenza dei requisiti, mantenere i benefici fiscali ed evitare il recupero di somme non dovute.

📞 Contatta subito l’Avv. Giuseppe Monardo per una consulenza riservata: la tua difesa contro le contestazioni sulle agevolazioni PMI innovative inizia qui.